環境自治体会議は、会員自治体が地域内の市民・事業者等と連帯して、環境自治体を目指して取組んでいく組織です。環境自治体づくりをより強力に進めるためには、会員に共通する環境目標を立て、目標達成に向け共同で取り組んでいくことが重要であることから、2000年5月の全国大会（水俣会議）において9分野からなる共通目標が採択されました。

共通目標の達成度を測る指標値の動向を毎年把握することにより、進行管理を行うこととしました。CO2排出量など各自治体で推計できない指標は、事務局が推計作業を行います。一方、共通目標達成のための具体的施策について、会員自治体に毎年その進捗状況を事務局に報告していただき、事務局で集計します。これらはこの年次報告書に掲載し、公表していくことになりました。
なお、共通目標の内容については下表のとおりです。